楽しい建築ができそうです。

はじめまして。
お話の土地は、計画次第でとても魅力的な建築ができる敷地だと思います。特に、良さそうな土地だと感じられたことが重要だと思います。
そして、この土地のデメリット部分は基本的には解決されるはずです。
ただ、それはコストの問題として返ってくることですので、コストと関わってくる部分を簡単に説明します。

まず、前出の方々のお話にもありましたが、駐車場をコンクリートで造ることがコストアップになるという点です。
コンクリートで造ることは、おおざっぱな言い方をすれば、木造より、坪単価で15〜20万円は割高です。どこまでをコンクリートで造るかで、金額が変わります。
排水の問題は、道路から見れば１階は地下にあるようなものですから、１階で使った水は、ポンプアップ排水が必要ですが、工事金額は数万円程度〜というところでしょうか。また、僕の以前の経験では、雨水は、ほとんど道路面の上でまとめられるので、特に問題なく処理できたと思います。
３mの段差のことから、造成との関係が指摘されていましたが、造成法というよりは「がけ条例」（自治体によって言い方が違うかもしれません）により、崖からの建築物の保護が問われるように思います。建物の位置や１階のコンクリート壁の造り方によっては、造成が不要、または少なくてすむということになります。
もうひとつ。工事の仕方が割高になるということでしょうか。
敷地は、道路から見れば地下工事のようなものですから、工事のための機械の搬出入、そのための足場づくりなどによって、工事の仕方が高く見積もられそうです。

地盤の善し悪しなどを含め、不明点もありますが、計画しがいのある土地に思われます。不安な部分があるようなら、早い段階から建築家と相談されることをお勧めします