要件と運用状況によって柔軟に。

Linux派とWindows派のような議論が昔はありましたが、私は完全中立派ですので、少し変わった回答になるかも知れません。

**業務要件によって、おのずとプラットフォームは決まります。

Linux・Unixだから安定しているというのは、今や間違った考え方になります。
MySQL、つまりDBを例にとるのであれば、そのDBがどういった使われ方をするのか、求められる安定性、耐障害性は何かなどを検討していくことにより、プラットフォームはおよそ決まってきます。

周辺の管理要件や管理ツール要件、バックアップ要件なども加味していくと、最近ではLinuxにする選択肢のほうが少なくなってきているようです。まして、無償版は現実的には採用できないかと思います。(小規模な場合を除き)

**運用環境により、プラットフォームの変更を視野に入れてみてください。

また、そのDB、サーバを誰がどのように運用していくかも重要なファクターです。DBの設計はできるけど、Linuxは全く障れないベンダーさんも珍しくありません。せっかく構築したDBも、サーバ含めて運用できないのであれば、必然的に運用できるプラットフォームになっていきます。

最近ではWindowsでも比較的安全にリモートからメンテナンスする方法が確立されてきていますので、運用会社が運用できるプラットフォームをベースに考えるのもひとつの方法です。

**文字コードに注意してください。

おまけですが、文字コードのことを意識しないで、文字化けが解消できないケースを最近多く見受けます。簡単なようで、結構難しい点になりますので、ご注意ください。