ご質問ありがとうございます

公的機関での無料相談はコストもかからず手軽に相談できるところが利点です。

例えば、会社の設立はどのようにすればよいか?　お金はどこからどのように借りればよいか?　税金はいくらぐらいかかるか?　など、ごく一般的な疑問については利用者のニーズを満たしてくれるもの思います。

一方、込みいった案件については一般論でのアドバイスにとどまることが多く、個別事情を総合的に考慮したほんとうの意味で有効なアドバイス・支援を求めることは難しいかもしれません。　(なぜなら「無料」だからです。)

お話では、商工会議所によると、「会社」での運営で規模を拡大し収益力を高める、というアドバイスです。　　
確かにその通りなのですが、やはり一般的な助言にとどまるものと見受けられ、wedoneedkaminendoさんの目的を達成できるものではありません。

例えば、お話の中で問題とされている税負担についてですが、株式会社などの 「会社」 ではなく、パートナーシップ型の「組合」 (例/LLP:有限責任事業組合) で運営することで税金の負担を軽減するという選択肢も考えられます。

公的機関でこのような個別事情に応じたアドバイスを期待することには限界があるのかもしれません。

そこで、基本的な情報については費用無料の公的機関をフルに活用され、そこで満たしえないニーズについてはやはり様々な事情において経験の豊富な民間の専門家に相談される、という具合に使い分けてみられてはいかがでしょう?

初回相談を「無料」としているところも多いので、いろいろあたってみる中で信頼できる専門家を探してみられてはどうでしょう?