検査済証もありますが

マンションの耐震偽装問題で、購入した人にとっては心配の種ですね。

さて、申請通りに建てたかどうかがご心配なようですが、着工時が何時なのかが不明なので確定的なことはかけませんが、基準法上ではマンションなどの建築物の場合、特定工程時(鉄筋の配筋が終わった時)に役所の検査を受けることになっているはずです。その検査に合格しないと次の工事に入れないことになっていますので、新築マンションであれば、この法はすでに施行されていますので、たぶんその検査は受けていると思います。
しかし、これはあくまでも配筋が図面どおりに入っているかの検査ですのでコンクリートの品質までは問うていないことにご注意ください。

最終的な役所の検査は工事完了時に行われますが、これも構造上の検査はすでに建物が完成していますので行われません。
申請通りに建っているということが確認されたという証に「検査済証」というものが役所から発行されますので、それがひとつの目安になりますが、これとても姉歯事件時には、検査済証を出した役所は責任を取らなかったことからも、保証書の代わりになるものではなく気休め的なものと考えていたほうがよさそうです。

確認申請通りなのかは施工会社の現場監督しか分からないのじゃないかと思います。設計事務所が入っていたとしても、監理がどの程度まで行ったか不明ですので、そうした書面の効果はどれほどのものなのかは分かりません。

瑕疵があった時の関係者の対応がどうなされるのかをしっかりと決めていることが肝心ではないかと思います。

大手建設会社だからとか大手設計事務所だから、又は大手デベロッパーだから安心という考え方は通用しないと思ったほうがいいですね。
購入者の方がそうした組織に対峙するのは個人個人ではなかなか困難ですので、入居後の管理組合を通して売主に対する要求などをされたほうがいいのではないでしょうか。