住むことを前提に

築40年経過しているということならば、なんにしても水廻りなどの設備関係の寿命が来ているでしょうね。水回りはリフォームするにしても最も金のかかる部分でもありますので、今回のヤンさんが見積をしてもらった工事金の大半を占めているのではないかと予想します。

次は雨漏りなどによる構造材の腐食がないかどうかの調査とその補修が必要になるでしょう。

20年は持たないとの業者さんの発言内容の吟味は現場の確認が出来ませんのでなんとも判断付きかねますが、建物というのは使用しないでいるとどんどん痛んできます。
4年間放置したままということのようですが、これから生き返らせていくしかないでしょう。

私としては文面で判断する限りでは、住める最小限のリフォームにとどめて住まわれることをお奨めします。その後の手入れはご自分で出来るところなら極力自分で手を入れるようなことを考えられるようにしたらいかがでしょうか。

自らが手を加えればそれだけ愛着も湧きます。
一般的に、車にはせっせと洗車したりワックス賭けをしたりするのに建物の手入れには全く関心を持たないことをを嘆かわしく思いますが、これもこの国の不動産の評価対象が土地だけという独特の慣習によるのでしょうか。

既述したように、水廻りと構造面での改修と漏水の処理をしておけば、あとはナントカなるもんです。住めば都ということもありますので、がんばってください。