こだわりがないなら価格で決めるのも一案

まず、結論から先に書きますと、

＞知名度でいえば「.com」、取れなかった場合には「.net」程度の考えでよいのでしょうか？

良いと思います。個人的には「.net」よりは「.jp」が好きですが。

以下、いくつか思うところを書きます。

＞副業でECサイトの運営を行っている

ということなので、とりあえず法人化されていないことを前提に話を進めます。

＞いろいろなドメインをとることができますが、それぞれのドメインを選択した際のメリット、デメリット

まず、希望するドメインが取得できるかどうかという問題があるのですが、一般的に.comは取りにくいことが多いです。全てフリーでどこでも取れる、という状態であればあとは基本的に趣味の問題になります。ただ、ここで考えておくべきは運用上の問題で、「.jp」「.com」「.net」「.info」「.biz」などを電話や口頭で伝えるときにどれが一番簡単で、頭に残るかということです。「ドットコム」という言葉はすでに非常に一般的なので、「○○.comです」と伝える場合はまず間違いなく通じます。また、「○○.jp」も通じることが多いのですが、その他はまだそれほど一般的ではないので、あとで「あれ？.comだったかな？それとも.co.jp？」みたいに混乱することはあります。また、電話で伝えることを考えると、「b」「d」「g」や「n」「m」などは伝えにくい部分があるので、それが入っている「biz」はやめた方が良いかな？とも思います。しかし、これはドメイン名に入っていればあまり関係なかったりもします。

ということで、冒頭の結論になります。

ただ、ドメイン維持費が異なりますから、最終的にはそのあたりが一番の判断基準になるかも知れません。