建ち上がり前でも確認できるところは確認することが大事です。

まず、将来の売却時の価格差についてですが、あまり影響はないと思われます。間取りももちろん関係はありますが、どちらかというと専有面積がどのくらいあるかという点がポイントになってきます。3ＬＤＫの広さと変わらない広さが確保されている、サービスルームは採光の関係でＳ表記になっているだけである程度の広さが確保されているのであれば、安心してよいかと思います。ただ、窓が壁に対して斜めという点が気になります。どの程度の傾きなのか、どの面が斜めになるのか担当者にしっかり聞いたほうが良いと思われます。次に、サービスルームの明るさの件ですが、私のこれまでのお客様はサービスルームは、まるごと収納として使ったり、お子様の部屋(昼間は学校に行っていて夜に勉強で使うので明るさはあまり求めていない)として使っている方が多いです。どの部屋でも南側の部屋があれば北側の部屋もあるのは当然ですので、そこまで心配されなくても大丈夫かと思います。
ただ急がされて慌てて結論を出さずに、気になる点、建ち上がる前で確認しづらいところはあると思いますが、今の段階でも分かるであろう点(マイナス面も含めて)を聞くことが大事だと思います。担当に質問してみて、親身にプラスもマイナスも説明してくれる担当であれば、信用できると思います。急かすだけの担当者であれば今一度落ち着いて考え直してみてもよいかもですよ。そういう担当であれば、購入後のフォロー等もしっかりしてくれるとは考えにくいからです。ご参考くださいませm(__)m