原則問題ありませんが、検討事項もあります

弁護士の神尾です。
事態が急変し混乱されているところもあると思いますので、整理します。

○慰謝料請求
請求（申立て）の理由の中に、「現在も不貞関係が続いていること」も含まれていますでしょうか。

通常、不貞の訴訟（調停）を立てる際には、「過去の不貞関係」（＋現在も続いていれば「現在の不貞関係」）を原因としますので、不貞が終わろうが「過去の不貞関係」は変わらない以上、請求は続けられることになります。

請求の減額については、現時点ではしなくて良いでしょう。
「現在も不貞関係が続いていること」が原因に含まれている場合、先方から何かしかのアクションがあるでしょうが、慰謝料の原因の大半は「過去」分ですし、現時点でこちらから動くことはないでしょう。
ただ、相手も別れたということで懐具合が変化したと思われますので、調停の進行にはやや影響があろうかと思います。

○今後のこと
原則不利になることはないです。
ただ、お子さんの有無や財産分与の基準時等、他にも考えるべき要素があるので、そもそも「しばらく我慢する」必要があるのか、我慢するとしていつ家を出るのかといった判断が必要になりそうです。

以上のとおり、懸念事項は少なそうですが、弁護士としてはいただいた情報からでは１００％確実な回答は困難です。状況の変化もありますので、法律相談等を検討されるのがよろしいかと思います。