特別控除の適用はは譲渡益の範囲内です。

きぃちゃん　はじめまして
税理士の柴田博壽と申します。
まず、事業用資産の譲渡損益は、事業所得には影響させないことにご留意が必要です。
つまり、お尋ねのような取引があった場合、
（借　　方）現　　　金　２３０万円　　（貸　　方）車　　　両　１９０万円
－－－－－－－－－－－－－－（貸　　方）事業主借　　４０万円
というような仕訳をします。これによって、帳簿上「車両」勘定は０円となります。譲渡益は、事業主に帰属し、所得税の場合、「車両売却益（損）」という勘定科目は使いません。
譲渡所得の計算においては、譲渡益が生じた場合、特別控除５０万円がありますが、特別控除として差し引くことができる金額は譲渡益が限度です。適用される特別控除４０万円で、所得金額は０円となります。
結果的に譲渡所得が０円ですから、罰則はありませんが、通常、確定申告書に記載します。
ただし、記載の有無にかかわらず、車両の譲渡価額は、課税売上に該当しますから、これを課税売上に加算して消費税額の計算をすることになります。
最後に、新車購入にあたって下取り車両があった場合のご質問に対してです。
車両金額と決済代金の差額は、以下のように事業主勘定を用いる仕訳が考えられます。
（借　　方）車　　　両　３００万円　　（貸　　方）　現　　　金 ２５０万円　　
－－－－－－－－－－－－－－ 　（貸 方)　事業主借　　５０万円
誤参考になれば幸いです。