回答させていただきます。

はじめまして。
不動産コンサルティング会社、アドキャストの藤森と申します。

悩ましい問題ですね。

損害金を支払ってゼロから希望の間取りに作り変えるのか？
それとも、とりあえず建築し、建物完成後に売却する方向で進めるのか？
といった２パターンあると思いますが、

ここで、建物完成後に売却する場合について考えてみたいと思います。

まず、建物完成後に売却する場合において、一度でも入居した後に売却する場合には、
中古物件としての取り扱いとなりますので、未入居で売却される方がより高い金額で売却価格を設定できます。

考慮しなくてはならないのは、
新築未入居住宅として売却を検討した場合、
新築住宅に付けられる１０年間の瑕疵担保責任保険を売却後も、次に住まわれる方に引き継ぐことが可能かどうか？
同様に住宅メーカーのアフターサービスなどの引き継ぎができるのか？
といったことの確認が必要かと思います。
これらが付くことで、新築建物として価値を維持することに寄与するかと思います。

リスクも考えなくてはいけません。
果たして、希望金額で売却できるのかどうか？
また、売れないまま、1年が経ってしまった場合、たとえ未入居でも中古物件になってしまうことです。

また、売却するにしても、一度、まっくら様の名義にしてから売却する形になりますので、
登記手数料がかかることや住宅を取得したことによる税金の支払いも考慮に入れる必要があります。

あと、今回の建築にあたり、住宅ローンなどを利用する場合は、その次の住宅の取得に、
従前のローンの残債が残ったままですと、次のローンを組むことが難しくなります。
（まっくら様の資金状況が分かりませんが。）


といったことから、

現在において、限定された損害金の支払いが良いのか？
また、建物を建築した後の将来にかけるのか？（建築費用よりも高値で売却ができるのか？）
どちらが得策かは分からないというのが、私の回答になります。


以上、ご参考になりましたでしょうか。

アドキャスト:http://ad-cast.co.jp/　 藤森哲也