いい質問だなぁ〜！

はじめまして。グラスルーツのオノと申します。「レベルの低い質問」だなんて、気にすることはまったくありませんよ。こちらも（多分、他の方たちも）、質問をいただくことで勉強になっているのですから。

『「フォントサイズ用」「色用」「ヘッダー用」「本文用」と、５個くらいの別ファイルへのリンクを、冒頭に設定しています』と書いていらっしゃるのを読んで、「なるほど、そんな方法もあったか」と思いました。

正しい／間違っている、というのはないと思います。ポイントは、運用しやすいかどうか、書いた人以外の人が見てもわかりやすいかどうか、だと思います。
鎮守さんが書かれた方法以外に、たとえば汎用的な共通部分と、あるディレクトリー配下のみで適用される部分とに分けて、記述を分けるなり、ファイルを分けるという方法もあるかと思います。たとえば本文フォントの指定は汎用的なものであり、あるページに限定したような、ブロック要素Aとブロック要素Bの空きの指定は固有のものということになります（まあ、空きというのも、ある意味統一的であるべきですから、前者扱いとするケースも多いかもしれませんが）。

いずれにしても、CSSファイルを外部ファイルに置くというのは、一般的であり、クロスウェーブの鈴木さんも書いていらしたようにSEO対策として有効だと思います。リンクの記述を書くだけにすれば、検索エンジンに読み取ってほしい重要な情報が、ページの中で下の方にいかなくてすむためです。

以前からこうだったから、そのまま続けるというのではなく、鎮守さんのような疑問を持つことって、どんな仕事でも大切ですよね。そんなことを考えさせられました。