個人使用目的の少量輸入ならば許可は不要です

こんにちは。ご質問者様がオーストラリアのネットショップとして、日本の一般消費者に商品を直接販売される（個人輸入）という前提でお答えいたします。

ご質問者様はオーストラリアの輸出者ですので、日本の化粧品製造販売業および化粧品製造業の許可を取っている必要はありません。
一方で、日本の輸入者は薬事法の規制を受けますが、一般消費者による個人輸入など販売を目的としない個人使用の場合は許可を受けなくても輸入できる場合があります。
具体的には、「標準サイズで1品目で24個以内」でしたら個人使用の目的として認められます。詳しくは厚生労働省やJETROの関連サイトをご参照ください。

また商品を日本に発送する場合、輸出者であるご質問者様には日本での輸入にかかわる税金は発生しませんが、貴社の商品を受け取る日本のお客様は個人輸入者として関税と輸入消費税を支払う必要があります。
国際郵便や国際宅配便で商品を発送した場合、それらの物流業者が輸入通関時に税金を毎回立て替えて支払い、商品をお届けする際にお客様から徴収することになります。
関税は品物ごとに税率等が細かく決められていますので、税関に貴社製品を具体的に説明してご確認ください。

さらに注意点として、「オーガニック」を商品に謳う場合、厳しい認証が要求される場合があります。関連機関に一度ご確認されることもお勧めいたします。

ご成功を祈願しております。

参考情報：

厚生労働省　医薬品等の個人輸入について
http://www.mhlw.go.jp/topics/0104/tp0401-1.html

JETRO　貿易・投資相談Ｑ＆Ａ　化粧品の輸入手続き
http://www.jetro.go.jp/world/japan/qa/importproduct_03/04M-010768

税関　医薬品・化粧品等の個人輸入について
http://www.customs.go.jp/tetsuzuki/c-answer/imtsukan/1806_jr.htm

Australian Certified Organic
http://www.aco.net.au/

日本オーガニックコスメ協会
http://joca.jp/