特定口座に分配金を入れているかどうかで異なります

uranchanさんへ。ファイナンシャルプランナーの杉浦恵祐です。

特定口座に配当等（分配金）を入れているかいないかで違います。
もし、uranchanさんの40万円の分配金を特定口座に入れてもらっているなら、残念ながら税務署の担当の言うとおりです。
国民健康保険料の均等割等の７割減額のメリットの方が大きいのなら、総合課税の還付申告は一般口座の10万円のみにした方が良いでしょう。
今年から普通分配金の源泉が20％＋復興所得税にあがりましたので、今年も同様の状況であれば特定口座への分配金の受入を止める手続きをとることをお勧めします。

http://faq.smbcnikko.co.jp/smbcnikko/web/faq/detail.asp?Option=0&FAQID=219&baID=9&NodeID=195&DispNodeID=0&CID=0&Text=&Attrs=&Field=&KW=&KWAnd=1&AspPage=LST&strkind=9&Page=0&Rows=10&NB=1&SearchID=&Bind=

https://www.daishi-bank.co.jp/individual/add/investment/pdf/tokuteikoza201309.pdf#search=%27%E6%BA%90%E6%B3%89%E5%BE%B4%E5%8F%8E%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%AE%E7%89%B9%E5%AE%9A%E5%8F%A3%E5%BA%A7+%E5%8F%97%E5%85%A5%E9%85%8D%E5%BD%93%E7%AD%89%E5%85%A8%E9%A1%8D%27

(1) 配当や分配金は必ず源泉徴収されます。大口株主等の例外を除いて確定申告不要です．

(2) 特定口座源泉あり以外の売却益は原則いくらであろうが申告必要です。ただし、給与所得のみでその他所得が20万円以下とか全ての所得が所得控除以下なら申告不要です。
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1463.htm
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2020.htm

(3) 譲渡価格－購入価格－購入手数料が売却益です。分配金再投資型の場合は実際に再投資された金額分だけ購入価格が増えます。（特別分配金がある場合はその額が購入価格から控除されます。）

(4) 他の収入も合わせた所得の総額が所得控除（基礎控除、社会保険料控除、生命保険料控除等）を超えない場合は(2)の通り確定申告しなくてよいです。