プランの調整も可能です。

年代的には基礎に鉄筋が入っているとは思いますが、
少し古い木造住宅のようですから、耐震的な部分で心配が残ります。
少なくとも、現在の木造住宅の耐震的な考え方は、
この数年で大きく変わっていますから、補強金物などのについては
やはり弱い建物だという認識はもたれていた方が良いと思います。

さて、耐震的な問題は少ないという前提でお話しします。
木質パネル工法とは、いわゆる２x４工法のことでしょうか？
いまでは、木質パネル工法といっても、在来工法の改良型もあるので、その早い例（または、それに改修している）であるならば、間取り変更も比較的楽にできます。
ただ、年代的にはおそらく２x４工法のことだと思われますが、
２x４工法だとしても、必要な補強を施すことで、壁を抜くなどの改造は可能です。
２x４工法の構造をよく知っていらっしゃる設計者、工務店に計算してもらって下さい。２x４工法といえども、結構自由になるものです。
全面的な改修は金額的にもご負担でしょうから、まず、必要とお考えな部分でご検討されたらいかがでしょうか。
また、部分的に構造をいじるのであれば、その際に構造体の状況の確認もできますから、構造的な補強をされることもお勧めします。
ただ、今年６月の建築基準法改正でいろいろ混乱している部分があり、法制度上ということになると明確にご回答できない部分があります。