3か月とも低額の休職給の場合、従前の標準報酬月額となります

uenaさん、こんにちは。社会保険労務士の羽田未希です。

算定基礎届では通常の状態での労働の対象として得る報酬をもとに9月からの標準報酬月額が決定されます。よって、4月から6月の間に低額の休職給を受けた月がある場合、たとえ支払基礎日数が17日以上であっても、その月を除外して算定します。支払基礎日数には休職給を支払った日も日数に含めます。
4月から6月に受けた報酬が3か月とも低額の休職給であった場合は、従前の標準報酬月額となります。（これを保険者算定といいます。）

該当の従業員の方が3か月とも低額の休職給であるかはご質問からは分かりませんが、1か月でも通常の報酬がある場合は、その月の報酬月額によって計算します。

算定基礎届には以下のように記載します。
就業規則などの規定により、月給制で欠勤した分だけ給与が減額される場合、支払基礎日数はその月の必要出勤日数から欠勤日数を控除した日数を㋗支払基礎日数欄に記載します。

平均額を計算するときには㋛欄の報酬月額の総計には、除外する月の報酬は含めません。

㋡備考欄に「けがによる欠勤」などの理由、期間を記載します。

確認ですが、算定基礎の対象となるのは4月、5月、6月に実際に支払われた報酬となります。給料の計算が末締め、実際の支払いが翌月の場合は、3月から5月まで働いた分であって、支払いは4月から6月に支払われた分を算定します。

参考にしてください。