会社の財産と親の財産の相続について

　まず基本的には、会社の債務を相続することはありません。問題は、代表者の立場であり、保証人であるため、相続とは関係なく債務返済の義務は継続します。
会社のお金で購入したといわれる、土地や建物が父名義となっているため、その資産が相続財産となります。同時に、お姉さんに買い与えられた、家や車も生前贈与となりますので、遺産総額に加算されることになります。義母から与えられたと思われる金額も、生前贈与ですから、同様に遺産総額に含めることとなります。
　正式に法定相続分で遺産分割した後、お姉さんの分割額の中から、生前贈与分を差し引いた金額が、分配される遺産額になります。
お父さんが所有している土地建物の総額（仮に4500万円）に生前贈与分（仮に1500万円）を加算した6000万円が遺産総額となります。義母が二分の一（3000万円）、ご兄弟が四分の一づつ（1500万円づつ）、そしてお姉さんはすでに1500万円もらっていますので、法定相続分から差し引きます。結果は、この場合の相続遺産はゼロです。
　相続人同士のコミュニケーションがあまり良くないようですので、前もって手を打つことがかなり困難であるとお察しいたします。あなたが、経理という立場で前もってできそうなことは、父を被保険者とする役員保険に加入されることです。保険金で会社の借金を可能な限り返済することにより、保証人としての責任も少しは減るものと思われます。
現実的には、入ってきた保険金の扱いについて、もろもろ問題がないわけではありません。借金返済に全く充てることができないケースも考えられます。また諸規定を用意しておかなければならない場面もあると思います。
ご質問の内容から、とても大きなハードルのような気がいたしますが、挑戦してみてはいかがでしょうか。いずれ大きな争いになることを回避できないご家庭のようですから、それだけのご覚悟が必要と感じられます。