住宅取得控除を受けている物件ではオススメしませんが･･･

nature_lunchさん、こんばんは。
ＡＢＣ税理士法人の税理士で平と申します。
よろしくお願い申し上げます。

ご自宅を改装されてお店をオープンされるとのこと。
おめでとうございます。
ご自身の夢に向かって頑張って下さい。

ただ、ご自宅はご主人の持ち家で、住宅取得控除の適用を受けているとのことですが、
住宅取得控除の適用は、ご自宅として居住用に使用されているということで認められている税法上の優遇措置です。
そのため、居住用以外の目的に使われた場合には、原則として控除が認められなくなります。
しかし、ご自宅のスペースのうち、例えば30%がお店で、残りの70%は居住用だと明確に分けられるのであれば、住宅取得控除の計算上、控除可能額の70%の適用は可能です。
そして、お店にするための改装費用とご自宅の光熱費等のうち、お店で使っていると考えられる光熱費等の割合を経費に算入することは不可能ではありません。
しかし、きちんとルールを決めて適正に算出されていない場合には、税務調査に耐えられず、税務署に経費算入を否認されることになります。この場合、原則3年分を調査していきますから、少なくとも3年分の経費の状況を説明できるようにして置いて下さい。

明確に分けられるかどうかは、あなた次第ということになりますが、面倒な処理が必要なのは確かです。適当に割り振ればいい、というものではありませんので、ご注意下さい。