土地建物の評価をしっかりする必要がありますね

　さぞお困りのことでしょうね。できれば家屋敷を手放したくないですよね、祖父母の生前の希望のようですから。
　不動産屋さんの言い値ですと、5000万円ぐらいで売れるとのこと。しかし本当に売却するときにはもっと足元を見られ、値下がりするものと考えられます。
相続税の評価を正式にするといいですね。相続税で使用する土地の評価額は、路線価を使います。路線価は税務署でお聞きになれます。住居地の殆どのところの路面に価格がつけられています。土地の地形により、道路に面しているところが一箇所なのか、二箇所なのかによっても評価が違ってきます。
あなたのケースのように、住んでいた住居の二階部分が貸家になっている場合には、貸家建付地として評価が割引になります。このような評価の計算が路線価図面に詳細に記されています。
また住居は（建物）固定資産税評価額により評価額を算定します。お住まいの住居が築何年であるか明確ではありませんが、市役所に相談し、固定資産税評価額を聞くことができます。このようにして計算した結果が、5000万円であればやむを得ません。叔母さんの言うとおり、更地にする方法を採るか、裁判所で決めてもらうしかないですね。裁判所では、法定相続分がいくらですよとしか言い様がありません。売ってどうするかとかを助言するところではありませんので、あまり期待することはよくありません。できるだけ穏便に当事者同士で話し合うことが一番です。
　路線価を計算する場合都市計画図等の必要な書類もありますので、市役所で尋ねることも必要かと思います。（都内ですから区役所ですね）