ストレスのせいか、主従関係が中途半端なせいか

結論からお話しますと、主従関係も信頼関係も出来ていないと思います。

日本犬は猟犬として使われていましたから、基本的には犬が信頼し尊敬する人の言う事しか聞きません。
最近では柴犬はそれ程顕著ではないようですが、北海道犬や甲斐犬などはまだその傾向があります。
唸られたり噛まれたりすることだけでも、関係性が出来ていない事が伺えます。

いろいろと出来事があったようですが、あまり関係はないように思います。
それよりも、ワンちゃんと接する「態度」にいろいろと問題があるように思います。

・事細かに出来事を把握しているようですので、ワンちゃんに対してかなり「気を使って」いるのでは
　ないかと思われます。犬は気を使われれば使われるほど、逆に飼い主様に気を使わなくなります。
・自覚されているようですが、一貫性がないのも良くありません。
・命令に従うようですが、従うかどうかよりも、どのような「気持ち」で従っているか、が問題です。
　嫌々従っていたり、気分しだいで従ったり従わなかったりでは、良くありません。
・「いつもの場所」のように、何かに執着するのは、飼い主様のお家がワンちゃんのお家に
　なってしまっている状況だと思います。
・ゲージを購入されて、フリーにするのは止めましょう。

具体的な方法については、実際にワンちゃんを見ていないのでアドバイスする事は難しいです。
ご自身だけで対処されるのが難しければ、専門家にアドバイスを受けながらしつけを行なっていくことを
お勧め致します。