補修

竹中建築計画工房の竹中健次です。http://www.k-takenaka.com/
施行状況を見ていない点で，解答は大変難しいです。

文章の内容だけで判断させていただきます。
コンクリートの剥離がある点に関しては，施工後のケレン等（コンクリートやモルタルのペースト/方枠材の除去など）の作業がおろそかになっています。残念ながら、施工会社の技術的な問題も有るようです。
モルタル補修の是非に関して，将来的な雨水の浸入やコンクリートの剥離が予想されない場合やジャンカー（コンクリートの砂利が見えているもの）が目視出来ない場合には，コンクリートの特性を損ないますので補修はしない方がいいと思います。
コンクリートのシリコン系の撥水剤が２０年以上前は主流でしたが，１～２年で撥水効果がなくなる点とコンクリートがどんよりとねずみ色になるので、現在はほとんど使うことはありません。
コンクリートの施工に満足行かないようでしたら，フッ素系orシリコンの樹脂塗料に白色を１．５％～２％混ぜた物を塗ることをお勧めしています。私は施工会社の施工不十分なコンクリートにはよく使用しています。
白色を混ぜることによって，コンクリートの打ちムラ等が緩和されます。
ファンデーション工法という補修不法もあります。これは技術者によってかなりの差が出るのであまりお勧めはしていません。かえってコンクリートの肌合いをかなり損ねるケースがあります。