手順よくすすめることが大事です。

お礼が大変遅れ申し訳ございません。
目からうろこの詳しいご回答ありがとうございました。

手順が大切とのこと、お陰様で全体の流れがだいぶ見えてきました。
やはり最初で交わす契約書というのが、非常に重要になってくるのですね？

商標登録をする場合は、著作権の譲渡を行うようにしたいと思います。

その際の譲渡料ですが、ロゴの著作権譲渡料はどのように設定するのが一般的なのでしょうか。
また、その他契約書に記すべき注意点などございましたら教えていただけますか？

お手数ですが、再度アドバイスいただければ幸いです。

その際の譲渡料ですが、ロゴの著作権譲渡料はどのように設定するのが一般的なのでしょうか。
また、その他契約書に記すべき注意点などございましたら教えていただけますか？

↑との質問ですが、著作権譲渡関し、明確な設定基準というものは、現在はまちまちと思います。

この件は、思いのほか、相手様の企業規模や、あなたのスタンス、クリエイティブワークに対する理解度等に
左右されるのが現状です。

ひとつの基準として、弊社ではロゴデザイン料金の50%を、著作権譲渡料として、相手様にご提示しています。

例)ロゴ制作料￥300,000の場合は、￥150,000を提示します。

また、契約書に関する注意点ですが、まず、ネット上の契約書のテンプレートをチェックしてみてください。
これはかなり勉強になりますし、それでも不安な場合は、専門家に依頼することをおすすめします。

契約期間他、上記にもあるとおり、ロゴの応用制作物が仕事が発生した場合、あなたに制作を依頼して
もらうような条項も良いかと思います。

また、本件の支払いに関する条項を設け、仕掛かり金、中間金、残金と、支払い期日も指定しておくと、
より安心して仕事に打ち込めると思います。

以上、お役に立てれば幸いです。