住宅ローンの担保の取り方について

ハッピーハウスの真山（さのやま）です。

「なおちは」さんのおっしゃりたいことは非常によく分かります。
私自身も不動産業界にかかわる前に中古戸建を購入しましたが、
その際、同じような疑問や不信感をいだきました。

まず原則として、住宅ローンは自己居住用建物のための借入の制度です。
したがって、住宅ローンは土地と建物の両方を担保として考慮した
金利や条件が金融機関から提示されます。
日本は貸し手である金融機関の立場が非常に強い国です。
土地と建物の両方に抵当権を設定することは金融機関の融資実行条件であり、
日本で「住宅ローン」という商品を使用する限りは仕方がないことです。
（法律的、道義的な問題ではなく、金融機関の都合です）

納得するしないにかかわらず、住宅ローンという金融商品を
使用するためには、金融機関の慣習に従わざるを得ません。

ご質問に対する回答です。
１．、２．、３．について、
住宅ローン控除と抵当権の付け方は全く関係ありません。
住宅ローン控除の適用となる借入を証明できれば構いませんが、
今までの説明の通り、住宅ローンとして借入を行うのであれば、
金融機関の都合で、抵当権の設定の仕方が決められてしまうのが
現在の実情です。

４．について抵当権の抹消費用は、おっしゃる通りで
債務者（通常は一般消費者）が負担するのが通例です。

余談ですが、
都市銀行等の住宅ローンでは、金融機関の子会社である
保証会社による保証を条件とされ、
その保証料を債務者である一般消費者が負担しているのが実情です。
個人的な意見ですが、担保として土地と建物の両方に
抵当権を設定し、かつ、支払の保証を自分の子会社に
債務者（消費者）の費用負担でさせている構造こそ
貸し手有利の立場を象徴していると思います。

少しでもお役に立てれば幸いです。