基本的に可能です。

初めまして。東京城南地域をメインに住宅の設計をしております、クロノグラム アーキテクトスタジオの葛原と申します。
ツーバイフォーの住宅を１００件以上設計しております経験から回答申し上げます。。宜しくお願いいたします。

窓の直上には必ず「まぐさ」という梁の様な水平部材が入っており、上部の荷重を窓左右壁に力を分散していますので、取り外しが可能となります。

お付けになる勝手口ドアの幅は腰窓の幅までとしてください。それ以上の場合は「まぐさ」の入れ替え等の工事が必要になりますので工事業者さんに相談してみてください。また、ドアの大きさ位置によっては土台や根太という部材を削ることになる場合があります。部材自体は削ることは可能ですが、アンカーやホールダウン金物など耐風・耐震上重要なパーツがある場合は工事が困難または不可能になる場合がありますので、業者さんに相談して図面やファイバースコープでの事前確認を行なってください。

※勝手口ドアは単純な開閉タイプの他に、ドアが閉じて（施錠されて）いる状態で通風が出来るものもございます。
（参考：http://tostem.lixil.co.jp/lineup/door/katte/k_door/duo_1/）
さらに、同タイプの引き戸もありますので、使い勝手や戸外スペースに合わせてお選びになると良いと思います。

使い勝手の良いキッチンになると良いですね。（余談ですが、窓廻りの雨漏りにはご注意ください）
また何かご質問があればお気軽にご投稿下さいませ。