私ならこうするという一般論としての域はでませんが。。。

税理士ではないので確定的なことは申し上げられませんし、情報が不足しているので、仮定しながらの不十分な私見での回答ですみません。

４年前まで個人事業として所得税の確定申告をしていたという前提に立ちます。

仮に２００７年１２月期までが個人事業として申告しており、２００８年の初期に法人成りして、決算期はわかりませんが、その年度の収益と費用を法人で申告していたということであれば、個人→法人において所得のダブりとか抜けがないという判断をします。
であれば個人で廃業届けを出さなくても、同じ業種を営んでいれば、事業としての連続性はわかりますので問題はない（今年＝２０１１年から、個人事業として継続すること）と思います。ただし法人としての営業期間中に所得税の確定申告はされてますか？所得税の確定申告したときに、個人事業の決算をゼロとしたのか、あるいは源泉徴収だけで済ませて確定申告はしていないのか？ということは少し気になります。つまり個人事業を廃止あるいは休業なのかという状況証拠？

一般的に、個人事業と法人業務との連続性で問題になるのは、消費税の課税期間の算定だと思われます。

もし私がその立場でしたら、今回（ダブっても良いので）個人事業の開始届けを再度提出します。過去にこだわらず個人事業を開始（再開）することの明確な意思表示となるので。
その上で、法人の解散手続きを並行すれば問題はないと思います。
従業員の件も源泉をきちんとしていれば問題ありません。
雇用保険も同様です。従業員がいなくなった時点での過不足があれば清算しておいたほうが良いでしょう。

とりとめのない回答になってしまいました。
よろしくお願いします。