中間検査に少々注意。

厳密に言えばすこし気になる部分がありますが、現実的には、楽観して大丈夫と考えます。
　建築確認申請のあと、中間検査、竣工検査を受けねばなりません。「敷地内に隣地からの越境建物や未除却建物がある場合は原則的に検査は合格できません。検査に合格するまでは、次工程に進むことはできません。」という文言が確認済証に添付されていることが多いです。たとえば、適法でないコンクリートブロック塀が撤去できない等の場合です。　よって、確認申請は問題なく処理されたとして、中間検査時点で隣地からの越境物として指摘をうける恐れがあります。
　このような事を避けるため、建築基準法上の敷地境界は越境物をさけて設定することがありえます。ただし、こういう処理は、（所有権境界は別にして）建築基準法上、隣地にこちらの敷地を使わせているような情況になるので、望ましくありません。また今回は接道幅の確保ができなくなってしまうので無理です。
　こういう事情を考えたうえで、
１、今回、相談者様が新築を計画されているのであれば、問題の部分がどの程度目立つものかわかりませんが、その突出部分は隣地の越境物ではなく、こちらの設置した構造物（たとえば、境界を明確にするため、化粧ブロックを１段積むための基礎）であるという認識をもっておく。
２、もし、相談者様が売却をお考えであれば、上記のような対応にて切り抜けることは可能であるということをご承知のうえにて、対応をお考えください。