契約書に則って対応されては・・・

回答ありがとうございます。
今回の契約では、HMの設計士、工事担当、とは別の人間です。
工事担当は設計士に何度も中間検査の申請はしているか？という質問を設計士にしていたようです。
設計士が、HM会社にずっと隠していた内容であると説明も受けました。
中間検査や長期優良の申請が降りていないと建築工事に入れないとの事ですが、現状は記載した通り、大工工事が終了している状態です。
このような状態で、例えば中間検査の申請が通らない、又は計画変更等が必要になった場合、こちらはどのように対処したら良いのでしょうか？
アドバイスお願いします

評価頂き有難う御座います。

現状での対処ですが、私が設計者だったとしますと、長期優良住宅の申請を最優先します。
その後、中間検査の申請を行って、工務店さんに無理を言って、もっとも被害の少ない部位を解体してもらい、検査を受けます。そして検査済み書の発行期日を、長期優良住宅申請完了後の日付にしてもらうよう検査機関と交渉するでしょう。
そうしないと、長期優良住宅の認定を受けられなくなってしまいます。
ただし、厳密に言えばこれも脱法行為です。工事着手前に申請を下ろすのが建て前です。全て上手く行くかどうかは未定です。

その上で、建築主さんの対処としまして、長期優良住宅の認定書受領を文章で再度確約させることでしょう。出来なかった場合のペナルティーの方法も明記した方が良いでしょう。建築基準法の検査済み書は、上記に示したように検査が出来る状態まで現場をフィードバック出来れば下ろすことは可能かと思います。長期優良住宅ですね・・・