信金と相談して行うのが良いでしょう。

まずはご質問ですが、この提案はお父様がなさったのでしょうか。
それとも金融機関の方がなさったのでしょうか。

お父様がなさった提案だとしますと、himiko様がローンを
組むことができるか否かがまず問題となると思います。
現状で根抵当に入っている土地を担保に借り入れを行うことに
ローンを貸し出す金融機関がすんなり貸し出すとも思えません。
ただでさえ自分が利用する以外の目的での不動産取得には
慎重になっているご時世です。
返済が先か、融資が先か、抵当抹消が先か、などの
諸問題がありますので、具体的な絵を描いて信金に直接提案することを
お勧めいたします。
（信金の提案であれば、そこら辺はクリアされていると思います。）


もうひとつは、himiko様の返済原資が問題になります。
会社名義であれば取得原価が明確になているはずなので、
土地２０００万円の譲渡に関する税金はそれほど大きくないものと思います。
（会社の欠損金の額、土地の取得状況によりますが。）
不動産取得税に関しても、大きな問題にはならないと思います。

今後、himiko様の毎月の返済原資が問題になると思います。
お父様の会社で実質的に毎月の返済をすると思うのですが、
名目上、会社からhimiko様への地代という形で処理せざるを
得なくなると思います。
現在お勤めということなので、これらの地代と給与を
合算で確定申告を行い納税するという形になってきます。
毎月の返済額は必要経費にはならない為、地代相当分が
そのまま所得ということになります。（利息は必要経費にできます。）
himiko様の給料と、地代の金額によっては、
負担が増える場合もあるので、注意が必要だと思います。
（とくに単発で終わるものではないので。）

ご相談の場合、そこまでのシミュレーションを行って
実行なさった方が良いと思われます。