社会保険の適用

yasuhide様、はじめまして。社会保険労務士の小島です。

さて、ご質問の件ですが、確かに年金事務所の回答どおりですし、おっしゃるとおり、一体何で証明するのか、ということになります。

非常勤役員は、非常勤取締役になるのでしょうか？であれば、タイムカードは不要です。ただ、４分の３の証明ということになると、難しいですね。
役員であれば、そもそも出勤日数の把握も必要ありません。
証拠とすれば、例えば、「取締役会の議事録」などは有効です。そこに元代表は非常勤とする。勤務日数は、…などと入れておくといいかもしれませんね。

実体が４分の３であれば、後は回りの証言とか、パソコンの立ち上げ記録とかで証明できるかもしれませんが、勤務表をつけておくというのもこれだけの予防では有効です。
今後のチェックは本人に照会が来ることがあります。その照会には、どこで勤務していて、どのくらい働いているのか、というチェックが入ります。この回答をするときにフルで働いていると答えて調査が来るというケースが多いです。
会社自体に調査が入ることは、御社の規模ではあまり考えられませんが、地域性はあるかもしれません。

次に年金ですが、厚生年金の適用から外れると、停止されていた年金は出てくるようになります。年金の調整は標準報酬月額としますので、脱退したということになれば、標準報酬がないため、調整ができなくなるからです。