総合設計制度などが考えられますが

邑都（ゆうと）設計工房の石川と申します。

指定されている容積率に上積みする方法としては、総合設計制度があります。一定の面積以上（500平米とか1000平米など制度によって異なる）の敷地で、敷地内に一般の人も使える公開空地を設けるなどのことをすることで容積率のボーナスを得る方法です。隣の敷地で区がすすめているという容積率1000％の計画もこの制度を使ったものかも知れません。ただし、この制度を利用しようとして歩道状空地などを整備していくとかなり広い敷地がないとなかなか思ったような建物が建てられないですし、建築確認と異なり許可制度なので規定を守った計画でも必ずしもその通り認可されるとは限りません。

これ以外の容積上積みの制度としては容積率の移転があります。東京駅の赤レンガ駅舎の余った容積を丸の内の超高層ビルに移転するというのが有名な例ですが、これも東京都などの許可が必要でハードルは総合設計より高いですね。

資産価値減損の件については専門外ですのでその分野のプロの判断にまかせますが、したがって以下は私見として話してみます。
都に道路分を売却するということですので、その売却代金は地主である各区分所有者に支払われることになると思います。その分結果的に相場よりも安くマンション購入できたということで考えますと、将来建て替えの時に容積対象面積限度が低くなることを先取りしていたことになるのではないでしょうか。