最近、管理会社を売却した会社でしょうか？

ご回答ありがとうございます。
お返事が遅くなりました。

上場企業ではないようです。
(尾野様の仰っている企業は検索してわかりましたが、別企業でした)

もし、年収の水増しをされてしまっていた場合はやはり泣き寝入りになってしまうのでしょうか…。

今後、的確に対応できるよう頑張ります。

ちょっと社名が似ていたのでそちらかと思いました。
しかし、そちらの会社でないとなると、よくわからない会社ということで、
会社ぐるみの可能性があります。
会社への対応だけでは厳しくなるかもしれません。

手法としては、現在の源泉徴収票とは別に、もう一枚架空の源泉徴収票を付けて修正申告をしたと思われます。
そうすると、市役所で取得できる公的な書類までも、収入が上乗せされる形になります。
その場合、所得税・住民税は追徴になりますので、話の内容に合点は行きます。
さすがに、所得証明を提出されたら、それを見破るのは銀行でも難しいでしょう。

ここまでいくと、不正融資ということで、企業の商活動のレベルを超えています。
早急に銀行に申し入れをして、仮審査の結果を撤回してもらうようにしたほうが良いかと思います。
また、書類自体をまだ金融機関に提出していない場合も考えられますので、その場合は今後提出があっても、受け付けない旨の依頼をしてください。
また、税務署に対しても修正申告の取り消しをする必要があります。

被害届が必要なら警察への相談も視野に入れるべきです。
ただし、その際に最初のやりとりで、どこまで相手に委任していたのかなどが問題になる可能性があります。
ヘタをすると、違法行為を承知していた上で、すべて依頼人から委任されたとのことで、事態がとんでもない方向に動くことも考えられます。

ここは、少しお金がかかっても弁護士に依頼したほうが良いでしょう。