ご回答いたします

ＭＣＳ税理士法人立川事務所の税理士舛田です。
以下のご回答いたします。
１．まず市民税について、今年３月まで給与所得者として特別徴収で納めていましたが、結婚退職し私（配偶者）の扶養に入っても、４月以降の市民税を普通徴収にて納めなければならないのでしょうか？⇒住民税を特別徴収されている場合には６月１日から１２月３１日までに退職した時には原則（本人の申し出がない場合）普通徴収に切り替わりご自身で納付してゆくことになります。また翌年１月１日から４月３０日までの間に退職された場合には強制的に最終給与もしくは退職金から残りの住民税を一括徴収されます。（給与等から引ききれなかった場合には普通徴収になります。）。ということで退職時に残りの期間の住民税を一括徴収されているはずですから一度以前お勤めの会社にご確認してみてはいかがでしょうか？会社の方で一括徴収していない可能性もありますが。
２．因みに、結婚退職と同時に県外に転居したにもかかわらず前住所の市から納税通知書が届きました。納税通知書には詳しい説明が無く、しかも記載された「年税額」が「何月からの税額？」なのか記載が無く、特別徴収で納めた税額がちゃんと差し引かれているのか疑問です。（ぼったくりはないと思いますが・・・）⇒住民税は１月１日から１２月３１日までの所得に対して翌年に課税されます。また課税される年の１月１日現在の住民登録されていた市町村です。住所変更をしても納税先は変わりません。
３．次に、所得税ですが、妻の今年度所得については確定申告（年末調整）で所得税を還付できるのでしょうか？または、私の配偶者控除にて申告し年末調整されるものなのでしょうか？因みに、妻の今年度所得は給与所得９０７，０５７円（１月～３月）と退職金１，５８４，１００円です。⇒年末調整は原則としてその年の最後の給与を支払う際に行うこととなっており、年の中途で退職した人の年末調整はできないこととなっています。（例外はありますが）。よって退職した年の翌年に確定申告（還付申告）にて還付を受けることになります。またあくまで奥様の所得ですのでご主人の年末調整に奥様所得を合算することはありません。ただしその年の奥様の給与収入が１０３万円以下であればご主人の方で配偶者控除を年末調整時に受けられます。